En las lagunas destaca la vegetación palustre que suele encontrarse bordeando la mayoría de las lagunas llegando en algunos casos a cerrar completamente la laguna como es el caso de la laguna Cenagosa o el inicio d e la lagunas San Pedro. La vegetación emergente esta formada en su mayoría por masiega, encontrando además carrizales y juncos

La vegetación es típicamente meseteña. El árbol dominante en las laderas y zonas altas es la encina, que convive con las sabinas y enebros en los parajes más elevados y fríos. El encinar es sustituido por un denso matorral, compuesto esencialmente por coscojares, espinos, aliagas, esparto, tomillo, romeros. En los fondos de valles y márgenes de las lagunas aparecen los árboles de ribera, como los olmos y los álamos blancos, a los que se añaden los híbridos de chopos introducidos por las repoblaciones madereras. Contorneando las orillas de las lagunas, carrizos, juncos, eneas, zarzas, espadañales y las masiegas, es la vegetación palustre que se caracteriza por formar agrupaciones muy densas y altas que viven en los suelos cubiertos de agua. En el interior de esta vegetación palustre encuentran cobijo gran cantidad de aves, reptiles y pequeños mamíferos.